El Programa de Residencia en Epidemiología (PRE) inició en 1984 como un proyecto académico en colaboración entre la Secretaria de Salud de México y los Centros de Control de Enfermedades de los Estados Unidos para formar epidemiólogos de campo en generaciones con dos años de duración. En 1997, el programase transforma en una residencia médica incorporándose al Plan Único de Especializaciones Médicas (PUEM) de la Facultad de Medicina de la Universidad Nacional Autónoma de México (UNAMComo requisito primario para el ingreso al Programa, es necesaria la presentación y aprobación del Examen Nacional de Residencias Médicas que aplica el Comité de Enseñanza de Posgrado y Educación Continua (CEPEC) de la Comisión Interinstitucional para la Formación de Recursos Humanos para la Salud (CIFRHS). Los seleccionados al programa reciben una beca por parte de la Secretaria de Salud durante sus tres años de formación y al término del programa, y aprobando los créditos correspondientes, los egresados reciben el título de especialista en epidemiología.

Hasta el año 2011 el PRE ha graduado 224 epidemiólogos en 25 generaciones, que actualmente se desempeñan en distintos actividades, funciones, y cargos en el Sistema Nacional de Salud,como docentes en Instituciones de Educación Superior o Investigadores en Institutos de Investigación tanto nacionales como extranjeros.

Los residentes del programa se han caracterizado por su formalidad, honestidad, responsabilidad, disciplina, con actitud crítica y positiva en el análisis de problemas en el ámbito de la epidemiología y la salud pública.